Da es keinen Befehl gibt, wo man in allen Datenbanken gleich alle Tabellen optimieren kann, hier mal ein Script zum erleichtern …

#!/bin/bash
for db in $(echo "SHOW DATABASES;" | mysql -u$1 --password=$2 | grep -v -e "Database" -e "information_schema")
do
        TABLES=$(echo "USE $db; SHOW TABLES;" | mysql -u$1 --password=$2 |  grep -v Tables_in_)
        echo "Switching to database $db"
        for table in $TABLES
        do
                echo -n " * Optimizing table $table ... "
                echo "USE $db; OPTIMIZE TABLE $table" | mysql -u$1 --password=$2 >/dev/null
                echo "done."
        done
done